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Tu pregunta realmente es ambigüa, ¿que es lo que te causa tener que escoger entre varias? , si:
El estándar indica que se debe utilizar como llave primaria un identificador (dato único) para cada fila de una tabla, que a su vez facilite la manipulación e identificación como tal.
Por ejemplo, tenemos una tabla de estudiantes, es por lógica que la llave primaria sería: id_estudiante, independientemente de los datos que la tabla llevaría.
Si no haz aplicado la normalizacion en tus tablas, ahí está el problema.